Sheridan steht kurz vor seiner Amtseinführung zum Präsidenten der Interstellaren Allianz, als er eine Morddrohung in Form einer Nachricht und eines toten Rangers erhält, der vor der Station abgesetzt wurde. Der Attentäter befindet sich bereits auf der Station. Er tötet den Botschafter des Volkes der Gaim und zieht zur Tarnung dessen Schutzanzug an. Dabei wird er von Simon, einem Telepathen aus Byrons Gruppe, beobachtet. Er erkennt, dass der Attentäter bei der Amtseinführung zuschlagen will, wird jedoch entdeckt und angegriffen. Schwer verwundet schleppt er sich zu Sheridans Vereidigung, die den Sicherheitsbedenken zum Trotz bereits im Gange ist. Kurz vor seinem Tod kann er die Anwesenden warnen, woraufhin der Angreifer zunächst flieht. Die Zeremonie wird fortgesetzt. Plötzlich taucht der Attentäter mit einem Kampfflieger vor den Aussichtsfenstern auf und nimmt Sheridan ins Visier. Es handelt sich um einen Offizier namens Clemens, der unter Präsident Clark diente. Garibaldi hat die Situation rechtzeitig erkannt und kann Clemens mit einem anderen Kampfflieger von der Station abdrängen und ausschalten.

Lochleys Befugnisse betreffen die Angelegenheiten der Station, während Sheridan Entscheidungen hinsichtlich der Interstellaren trifft. Mit dieser Begründung gestattet er, entgegen Lochleys Entscheidung, den Telepathen auf Babylon 5 zu bleiben. Er erhofft sich davon Verbündete im drohenden Krieg mit dem Psi-Corps.

Garibaldi wird indes zum Chef des Geheimdienstes der Interstellaren Allianz ernannt.

Für Delenn überraschend hat sich Lennier dazu entschieden, nach Minbar zurückzukehren und sich zu einem Ranger ausbilden zu lassen. In den Trainingspausen will er Delenn jedoch regelmäßig besuchen.

Ein schwer verwundeter Ranger erreicht die Station und berichtet kurz vor seinem Tod vom Volk der Enfili, das regelmäßig von Piraten, den Raiders, angegriffen wird und nun um Hilfe durch die Allianz bittet. Sheridan schickt umgehend eine Flotte White-Star-Schiffe auf den Weg. Byron liest unbemerkt die Gedanken des Drazi-Botschafters und als Zeichen seines guten Willens warnt er Alexander: Die Drazi stecken mit den Raiders unter einer Decke und die White-Star-Schiffe fliegen geradewegs in eine Falle. Als Sheridan davon erfährt, kann die Flotte die Falle umgehen und die Enfili retten. Der Botschafter der Drazi muss öffentlich die Schuld der Drazi bekennen. Durch den Vorfall motiviert, unterzeichnen alle übrigen Völker die Deklaration.

Garibaldi gerät in Streit mit Lochley. Er wirft ihr vor, im Krieg auf der Seite von Präsident Clark gestanden zu haben, was sie nicht abstreitet. Sie betont jedoch, dass sie nie illegale Befehle erhalten habe. Um mehr über sie herauszufinden, verschafft Garibaldi sich Zugang zu ihrer Personalakte.

Auf Centauri-Prime wird der baldige Tod des Regenten erwartet. Londo wird deshalb von Babylon 5 zurückbeordert. Obwohl er weiß, dass er höchstwahrscheinlich bald Imperator wird, ahnt er, dass die Zukunft nichts Gutes für ihn bringt. Aufgrund von Reparaturarbeiten in den Docks verpasst er das Schiff, das ihn wegbringen soll. Dieses explodiert kurz vor dem Start – Grund war eine Bombe, die für Londo bestimmt war. Delenn schlägt daraufhin vor, dass G'Kar als Leibwächter von Londo mit nach Centauri-Prime reist. Da dies in Anbetracht der ehemaligen Feindschaft ein starkes Symbol für den Frieden ist, stimmen G'Kar und Londo zu.

Immer mehr Telepathen kommen auf die Station und schließen sich Byron an, was nicht allen Bewohnern von Babylon 5 gefällt. Als einer der Telepathen von Schlägern schwer verletzt wird, nehmen einige seiner Kollegen Rache, indem sie dem Angreifer telepathisch Schmerzen zufügen. Byron geht entsetzt dazwischen, da er Gewalt strikt ablehnt. Zack Allen lässt Byron und die anwesenden Telepathen verhaften. Byron ist nur kurz in Haft, doch währenddessen greifen einige seiner Leute einen weiteren Schläger an und töten ihn. Zeugen gibt es keine.

Lyta Alexander und Byron kommen sich sehr nahe und schlafen miteinander. Dabei erfährt Byron aus Alexanders Erinnerungen von der Heimatwelt der Vorlonen, dass es die Vorlonen waren, die die Telepathen als Waffe gegen die Schatten erschufen (vgl. S3E14). Byron ist wütend, da die Telepathen ohne die Vorlonen ein normales Leben führen könnten. Die übrigen Völker, die die telepathischen Fähigkeiten im Schattenkrieg ausnutzten, sollen sich nun um die Telepathen kümmern.

Unterdessen besucht das Komikerduo Rebo & Zooty die Station.

Londo und sein neuer Leibwächter G'Kar sind auf Centauri Prime angekommen. Lord Jano, ein Mitglied des Königshofes, berichtet über seltsame Vorgänge im Palast. Der Regent verhalte sich zunehmend merkwürdig. Des Weiteren werden üblicherweise offen zugängliche Informationen, etwa über Militär, Nahrungsmittel und Rohstoffe, plötzlich streng vertraulich behandelt. Später wird Jano in seinen Gemächern von einem unbekannten Angreifer überwältigt und schließlich erhängt aufgefunden. Londo und G'Kar werden kurze Zeit später von drei Centauri angegriffen. Londo wird dabei von einem mysteriösen Außerirdischen gerettet, der sofort wieder verschwindet. Bei einem Treffen mit dem Regenten will dieser Londo nicht verraten, wer seine Retter waren. Bald werde er jedoch alles erfahren.

Währenddessen zerstört irgendwo ein Kriegsschiff der Centauri einen wehrlosen Frachter.

Byron besucht eine Ratsversammlung der interstellaren Allianz auf Babylon 5 und trägt seine Forderungen vor. Er und seine Leute verlangen einen eigenen Planeten, auf dem sie in Frieden leben können. Als Sheridan einwendet, dass diese Forderung nicht erfüllbar sei, erhöht Byron den Druck: Seine Leute haben in letzter Zeit sämtliche Botschafter telepathisch gescannt und kennen alle ihre Geheimnisse. Er droht mit Preisgabe, sollte die Forderung nicht erfüllt werden. Bald darauf kommt es auf der Station zu ersten Kämpfen zwischen Telepathen und „Normalen“. Lochley und Zack Allen bitten nun Sheridan um Erlaubnis, die Telepathen zu verhaften. Er stimmt zu, woraufhin Byron sich zusammen mit Lyta Alexander und den anderen Telepathen verbarrikadiert.

Auf Centauri Prime wundert sich Londo, dass die Militärausgaben der Centauri trotz Beendigung des Krieges gestiegen sind, als er und G'Kar eine zufällige Entdeckung machen: Im Palast ist noch immer G'Kars ehemalige Assistentin Na'Toth gefangen, die für tot gehalten wurde. Man hat versäumt, den Befehl zu ihrer Inhaftierung zu widerrufen. Nur der Regent ist bevollmächtigt, diese Anweisung aufzuheben. In seinem aktuellen Zustand ist er allerdings keine Hilfe; es gelingt Londo und G'Kar jedoch, Na'Toth mit einem Trick an den Wachen vorbeizuführen und zu befreien.

Die vereinzelten Angriffe auf die Völker der Interstellaren Allianz dauern an. An den Anschlagsorten tauchen scheinbare Beweise auf, die den Verdacht auf jeweils unterschiedliche Völker lenken. Besonders zwischen den Drazi und den Brakiri entbrennt auf diese Weise ein schwerer Streit, sodass sich Sheridan gezwungen sieht, mit dem Einsatz der White-Star-Flotte zu drohen, sollten die Völker aufeinander losgehen. Er verlangt mehr Zeit, um die wahren Hintergründe der Angriffe aufzuklären.

Überwältigt von den Ereignissen, verfällt Garibaldi erneut dem Alkohol.

G'Kar wird zu seiner Überraschung auf der Station von mehreren Narn freudig begrüßt, die ihn wie einen Heiligen verehren. Ta'Lon (vgl. S3E03) erklärt G'Kar, dass er dessen philosophisches Buch (vgl. S3E08) nach Narn gebracht habe, um es im Falle von G'Kars Exekution auf Centauri-Prime in Sicherheit zu bringen. Dort sei es inzwischen hunderttausende Male kopiert worden. G'Kar ist dies unangenehm, da er kein Führer sein will. Ta'Lon überzeugt ihn aber davon, dass er als Vorbild und Lehrer eine Wichtige Rolle spielen kann.

Franklin erhält das Angebot, Leiter des xenobiologischen Institutes der Erde zu werden. Er akzeptiert und kündigt an, die Station bald zu verlassen.

Lennier trifft auf dem White-Star-Schiff den Rekruten Findell, mit dem er schon bald den Auftrag erhält, die Umgebung des Schiffes zu erkunden. Für beide unerwartet, springt das Schiff unter Captain Montoya in den Hyperraum und lässt die Schüler zurück. Während Lennier meditiert, um Sauerstoff zu sparen, gerät Findell in Panik. Montoya taucht schließlich wieder auf und lobt Lennier, genau richtig gehandelt zu haben. Lennier erfährt, dass Findell zu den Rangers ging, weil er sich verpflichtet fühlt, den Platz zweier Familienmitglieder einzunehmen, die im Dienst der Rangers fielen. In der nächsten Trainingsmission sollen mehrere Rekruten Peilsender an Asteroiden zerstören. Von Selbstzweifeln geplagt, versagt Findell auf ganzer Linie und will schließlich Suizid begehen, was Lennier verhindern kann. Montoya lässt Findell daraufhin versetzen: Auf Minbar soll er bei der Auswahl neuer Rekruten helfen. Er sei bestens dazu geeignet zu ergründen, ob sich die Freiwilligen aus den richtigen Gründen melden.

Londo stellt fest, dass die übrigen Völker die Centauri zunehmend meiden. Vom Palast seiner Heimatwelt erhält er die Nachricht, dass dort hinter den Angriffen ein Komplott der Narn vermutet wird. Man glaubt, die Narn wollen durch Beweisfälschung den Verdacht auf die Centauri lenken und einen neuen Krieg anzetteln. Londo wird beauftragt, diese Versuche abzuwehren.

Lyta Alexander wendet sich hilfesuchend an G'Kar. Da die Narn über keine Telepathen verfügen, bietet sie G'Kar Zugriff auf die DNA mehrerer Telepathen an. Im Gegenzug verlangt sie viel Geld und Transportschiffe für vom Psi-Corps abtrünnige Telepathen. G'Kar akzeptiert.

Garibaldi erhält Besuch von seiner Freundin Lise, die schockiert feststellt, dass er wieder dem Alkohol verfallen ist.

Garibaldi erhält von Sheridan einen wichtigen Auftrag: Um einem drohenden Angriff der Centauri zuvor zu kommen, will Sheridan seine White-Star-Schiffe zur Abschreckung einsetzen, damit es nicht zu einem offenen Krieg kommt. Er weiß jedoch nicht, wo er die Schiffe positionieren soll. Da die Rangers die Centauri beobachten, sollen sie mit Garibaldi Kontakt aufnehmen, sobald sie wissen, wo die Centauri als nächstes zuschlagen. Er soll die Nachricht dann an Sheridan weiterleiten. Als es soweit ist und Garibaldi einen Anruf der Rangers erhält, ist er allerdings wieder betrunken und nicht ansprechbar. So kommt es schließlich zum Angriff auf eine Flotte der Allianz und einer Eskalation des Konflikts. Die betroffenen Völker machen Sheridan schwere Vorwürfe, da sie die versprochene Hilfe nicht erhalten haben.

Auf Centauri Prime will man G'Kar als Mitglied der Allianz verhaften. Londo wehrt sich dagegen, was dazu führt, dass beide inhaftiert werden.

Auf dem Weg nach Minbar wird das White-Star-Schiff von Delenn und Lennier bei einer Begegnung mit Centauri-Schiffen schwer beschädigt.

Als Garibaldi betrunken bei einer Besprechung erscheint, stellt Sheridan ihn zur Rede. Er macht sich selbst Vorwürfe, dass er Garibaldis Problem nicht rechtzeitig bemerkt hat und suspendiert Garibaldi von seinem Posten als Geheimdienstchef, bis er sein Problem unter Kontrolle hat. Erneut erhält Garibaldi Besuch von seiner Freundin Lise, die ihm beim Umgang mit seiner Sucht unterstützt. Außerdem bittet sie ihn, auf den Mars zu kommen, um gemeinsam mit ihr den Konzern ihres verstorbenen Mannes zu leiten.

Auf der Erde häufen sich Anschläge auf das Psi-Corps. Die Geldzahlungen für diese Aktionen konnten bis nach Babylon 5 zu Lyta Alexander zurückverfolgt werden. Lochley weist Zack Allan deshalb an, Alexander zu inhaftieren. Sie leistet Widerstand, kann jedoch überwältigt werden. In ihrer Zelle wird sie von Garibaldi aufgesucht, der ihr ein Angebot macht: Er will den Einfluss des Konzerns von Lise dazu nutzen, dass die Anklage gegen Alexander fallengelassen wird. Als Gegenleistung fordert er, dass Lyta die Blockade aus Garibaldis Geist entfernt, die ihn daran hindert, Bester etwas anzutun (vgl. S5E11). Alexander willigt ein, verlangt aber zusätzlich Hilfe bei ihren Geldtransfers für den Widerstand. Die Blockade will sie dann nach einer Bewährungszeit löschen. Auf der Station kann sie allerdings nicht bleiben, da Lochley dies nicht erlaubt. G'Kar fasst daher den Entschluss, zusammen mit Alexander die Station zu verlassen und die Galaxis zu bereisen, um zu lernen und Abstand zu den Ereignissen zu erhalten.

Nach einem Ohnmachtsanfall von Delenn stellt Franklin zu Sheridans Überraschung fest, dass Delenn schwanger ist.

Auch Sheridan und Delenn befinden sich in Aufbruchstimmung. Auf Minbar wurde das neue Hauptquartier der interstellaren Allianz fertiggestellt, das nun zum Wohnsitz der beiden werden soll. Nach einem emotionalen Abschied brechen sie auf – gemeinsam mit Lennier, der von Minbar angereist ist, um Delenn zu begleiten. Auf dem Weg läuft Sheridan durch das Schiff, als er plötzlich auf ein Leck stößt, aus dem giftiges Gas austritt. Eine automatische Sicherheitstür verriegelt sich und Sheridan droht zu ersticken. Lennier eilt herbei – doch er zögert, die Tür zu öffnen und rennt weg. Sekunden später entscheidet er sich anders und kehrt um. Doch Sheridan hat sich bereits selbst befreit und ist nur leicht verletzt. Lennier flieht in einem Kampfflieger vom Schiff und blockt jeden Funkverkehr ab. Delenn veranlasst, dass Lenniers Quartier auf Minbar durchsucht wird. In Tagebüchern entdeckt man den Grund für sein Verhalten: Durch seine Liebe für Delenn entwickelte er eine extreme Eifersucht; die Beziehung zwischen ihr und Sheridan hält er für einen Fehler. Er kontaktiert Delenn und kündigt an erst zurückzukehren, wenn er sich selbst vergeben kann.

Auf Minbar angekommen, werden Delenn und Sheridan von Londo besucht. Er überreicht den beiden ein uraltes Gefäß aus dem Palast der Centauri als Geschenk für ihren ungeborenen Sohn. Sie sollen es ihm geben, wenn er älter ist. Als Londo geht, wird er bereits von einem Drakh erwartet. Sie zeigen sich zufrieden mit Londo und kündigen an, nun zu warten, bis die Jahre vergehen. In jenem Gefäß befindet sich einer ihrer Wächter (vgl. S5E18).

Ivanova, Vir, Zack Allan, Garibaldi, Franklin und Delenn begleiten die Stilllegung von Babylon 5. Sie werden Zeugen der Sprengung der Station. Danach gehen alle wieder ihrer Arbeit nach. Zack Allan geht nach Centauri Prime, um Vir zu assistieren und Ivanova wird Anführerin der Rangers.