Nils è disubbidiente e pestifero ed invece di aiutare i genitori nella conduzione della fattoria si diverte a fare brutti scherzi agli animali che non possono difendersi. Un giorno riesce perfino a catturare uno gnomo utilizzando un retino da farfalle; invece di liberarlo in cambio di una moneta d'oro, come propostogli, il ragazzo avidamente gliene chiede una seconda e l'essere soprannaturale, arrabbiato, con una magia lo trasforma facendolo rimpicciolire alla propria stessa altezza: assieme al giovane diventa piccolo anche il criceto che Nils si portava dietro con sé. Contemporaneamente però può anche cominciare a comprendere il linguaggio degli animali e parlare con loro.

Tutti gli animali della fattoria, dal cane alle galline dell'aia alle mucche della stalla, appena saputa la novità riguardante il loro antico torturatore, non si trattengono dal vendicarsi di lui (ora che è diventato come Pollicino) inseguendolo dappertutto a facendogli patire un po' di quello da loro subito in precedenza; Nils spaventato cerca una via di scampo. Nel frattempo l'oca Martin ha una disputa con un gruppetto di oche selvatiche appena sopraggiunte ed afferma che anche lui può volare come loro fino il Lapponia, dove stanno dirigendosi per fare i propri nidi: nel momento in cui Martin prende il volo per seguire lo stormo Nils, in cerca di salvezza assieme al criceto Carrot, riesce ad afferrare la corda che l'oca porta al collo e librarsi in aria assieme a lei.

Fa la sua prima comparsa la volpe Smirre, che sarà l'antagonista principale di Nils lungo tutto il corso della serie; il ragazzino riesce a liberare l'oca Ingrid che era stata catturata dalla volpe e a riportarla in salvo presso il suo gruppo

Durante la sosta nei pressi di una fattoria Nils e Carrot scorgono una famigliola di scoiattoli catturati e messi in una gabbia; il giovane riesce a condurre il piccolo di scoiattolo dal bosco, ov'era rimasto da solo e sperduto, al luogo dove si trovano i suoi genitori.

Lo stormo giunge al castello di Vittskövle. Martin, dopo una serie di peripezie, viene catturato dalla cuoca e portato in cucina; ella ha tutta l'intenzione di metterlo in padella. Nils ha il compito d'introdursi furtivamente nel castello per liberare l'amico.

Gunnar, il vice di Akka, capo stormo delle oche selvatiche in viaggio, mette a punto una serie di tre prove per poter appurare se davvero Martin è in grado di sottoporsi a tutti i rigori del tragitto in programma: l'oca domestica riesce a risolvere i difficili compiti, seppur con notevoli difficoltà.

Al castello di Kullaberg a Glimmingehus, lungo la costa danese, un esercito di ratti neri provenienti dalla vicina Svezia cerca d'infestare i locali, attaccando i topi grigi che vi abitano per entrare in possesso delle scorte di cereali contenuti nelle cantine; all'arrivo delle oche sui tetti toccherà a Nils cercare di por rimedio alla pericolosa situazione. In difesa del castello il piccolo Nils, alla maniera de Il pifferaio di Hamelin, suonando un corno magico, trascina via i ratti ipnotizzati e li fa cadere nel fiume.

Si svolge la grande festa di primavera nella penisola di Tulamberg (Kullen); in mezzo ai folti gruppi di animali ivi convenuti giunge anche, non invitata, la volpe Smirre.

Durante una giornata di pioggia Nils si nasconde nel cestino della bicicletta di un ragazzo che abita in campagna, finendo con s'intrufolarsi all'interno della casa colonica di famiglia; in cerca di qualcosa da mangiare, nella stanza del giovane, comincia a pasticciare con l'inchiostro che si trova sulla scrivania.

Si trascorre la notte lungo il fiume Ronnebyån. Le oche selvatiche si appostano in una stretta vallata, ma Neal viene a scoprire che Smirre è nei paraggi ed ha delle brutte intenzioni.

Arrivati a Karlskrona, prima vera città che Nils vede in vita sua, comincia a girovagare per le strade di notte seguito da Carrot; ma la statua in bronzo del re Carlo XI di Svezia, dileggiato dal giovane inconsapevole delle conseguenze, incomincia muoversi e ad inseguirli tanto che i due piccoli amici debbono rifugiarsi in un museo navale: qui il modello di una nave prende vita. Nel frattempo la figura in legno del "vecchio Rosenbom" deve aiutare il re nella ricerca di Neal.

Martin si comporta in modo tanto insolito da attirare su di sé l'attenzione dei compagni; si verrà a sapere che sta curando una bella oca ferita di nome Dolce Piuma portandogli da mangiare di nascosto dagli altri. Nel momento in cui le sue ali guariscono, la nuova amica si accoda allo stormo.

Nel corso di una terribile tempesta Akka conduce i suoi a cercare rifugio su di un isolotto roccioso. All'interno della grotta incontrano un gregge di pecore lì rifugiatesi, incapaci come sono di difendersi da sole contro gli attacchi sempre più frequenti delle volpi: Nils insegna però alle pecore come si fa a contrattaccare.

La cicogna Ermenric, abitante sui tetti della fattoria dei genitori di Nils, va a trovarlo e gli racconta la storia della leggendaria cittadina di Vineta la quale riemerge dal fondo marino solo per un'ora ogni cento anni; in una notte di luna piena il ragazzo in compagnia di Carrot attraversano le porte della città incantata nel tentativo di salvarla dalla maledizione che ha preso i suoi abitanti: ma per farlo avrebbe bisogno almeno di una moneta ed egli purtroppo non ne porta nessuna con sé.

Il capo delle cornacchie vorrebbe tenere tutto per sé un vaso pieno di monete d'oro appena trovate ed assieme alla sua fidanzata mette a punto un piano per ingannare i sottoposti; non riescono però ad aprirlo. La volpe Smirre allora, comparsa nelle vicinanze, consiglia loro di farsi aiutare dal piccolo Nils: dopo averlo rapito cercano di costringerlo ad aprire il tappo che serra il vaso, con l'intento poi di consegnarlo come ricompensa per l'aiuto proprio a Smirre.

Dopo che Nils ha aperto il vaso di monete d'oro tutti i corvi balzano lesti sopra il tesoro, cosicché il ragazzo può sfuggir loro nascondendosi in una casupola abbandonata dei dintorni; ma la volpe vuole costringere i corvi a mettersi sulle tracce della sua preda.

Messosi in salvo e al sicuro tra le oche selvatiche Nils, sorvolando un lago, incontra l'uccello Jarrow, messo lì dagli uomini come esca e richiamo per attirare i suoi simili, di modo che i cacciatori nascosti lì vicino possano poi sparare agli sprovveduti accorsi. Nils vuole aiutare la sua nuova conoscenza a fuggire.

Un bambino del luogo rimane intrappolato dentro una barchetta con un buco che prende presto il largo; le oche selvatiche gli portano soccorso riuscendo a spingere l'imbarcazione verso la riva. In segno di gratitudine nei confronti degli animali, i genitori del bambino s'impegnano a convincere gli abitanti del luogo a non far prosciugare il lago per i loro interessi, infischiandosene così del tutto delle esigenze anche degli altri esseri viventi.

Casualmente Nils incontra un alce che ha perduto il proprio piccolo; gli uomini lo hanno catturato ed ora lo tengono rinchiuso in un recinto. Nils convince il cucciolo a tentare la fuga per riacquistare la libertà e poter così tornare dalla madre

Senza volerlo Nils calpesta un serpente e questi, tramando vendetta, mette in pericolo l'intera foresta.

Nils riesce talmente ad far irritare la strega della pioggia locale, fino al punto che questa scatena contro tutto lo stormo in viaggio una tremenda tempesta.

Nils, durante una sessione di volo, cade dalla groppa di Martin e finisce tra una famiglia di orsi; i cuccioli immediatamente cominciano a divertirsi col loro nuovo "giocattolo", ma il padre orso continua non fidarsi del piccolo Nils, rimanendo questi dopotutto nient'altro che un uomo. Nel tentativo di farlo ricredere, il ragazzo aiuta l'orso a risolvere un problema ch'esso ha proprio con gli uomini.

Durante il sorvolo sopra Uppsala Lasse scopre uno studente che nutre gli uccelli fuori dalla sua finestra; sperando di ottenere un po' di cibo entra nella stanza assieme a Nils e così conoscono il suo inquilino che frequenta l'università. Questi dovrà ben presto richiedere l'aiuto di tutte le oche; ha difatti perduto il prezioso manoscritto consegnatogli da un amico, quando un improvviso colpo di vento ne ha sparpagliato via i fogli che sono così stati dispersi per le strade della città. Tutto lo stormo si mette in movimento per aiutare lo studente.

Sperando che qualcuno di loro possa aver notizie di Akka, Nils e Carrot entrano nel giardino zoologico; qui fanno la loro conoscenza con un'aquila di nome Gorgo