Auf Centauri Prime trifft Londo erstmals Imperator Cartagia. Dieser informiert Londo, dass jemand mit ihm sprechen will: Es ist Morden. Von der Explosion auf Z'ha'dum schwer verletzt, berichtet er Londo, dass die Schatten mit der Erlaubnis von Cartagia eine Basis auf Centauri Prime errichten werden. Kurz darauf sieht Londo am Himmel hunderte Schattenschiffe, wie er es aus einem Traum kennt (vgl. S3E01). Er fragt den Imperator, warum er dies zulässt. Cartagia erklärt, dass die Schatten ihm versprochen haben, ihn im Gegenzug zu einer Gottheit zu erheben. Londo befürchtet, dass die Centauri im Krieg gegen die Schatten nun als erste vernichtet werden, was Cartagia als Opfer für sein Ziel gleichgültig in Kauf nimmt. Londo ist entsetzt und erkennt, dass der Imperator wahnsinnig ist. Er kontaktiert Vir mit der Bitte, nach Centauri Prime zu kommen. Mit seiner Hilfe will er einen Plan entwickeln, den Herrscher zu töten.

Da Garibaldi noch immer verschwunden ist, beschließt G'Kar, sich auf die Suche nach ihm zu begeben.

Auf Z'ha'dum sitzt Sheridan in einer Höhle vor einem kleinen Feuer. Ein geheimnisvoller Außerirdischer erscheint und setzt sich zu ihm.

G'Kar ist auf dem Planeten Zathran 7 auf der Suche nach Hinweisen zum Aufenthaltsort von Garibaldi. Da er das letzte noch in Freiheit befindliche Mitglied des Kha'Ri ist, dem obersten Rat der Narn, ist ein Kopfgeld auf ihn ausgesetzt. Schließlich wird er von Soldaten der Centauri aufgespürt und verschleppt. Auf Centauri Prime präsentiert Imperator Cartagia stolz den gefangenen und gedemütigten G'Kar. Londo besucht ihn in seiner Zelle und beteuert, dass er nicht wolle, dass G'Kar leidet, er dies aber nicht verhindern könne. Allerdings will er G'Kar in seine Verschwörung gegen Cartagia einbeziehen. G'Kar stimmt zu, verlangt aber von Londo, dass die Narn die Freiheit zurückerlangen, sobald Cartagia beseitigt ist. Londo willigt ein.

Unterdessen befindet sich Garibaldi in einem abgeschlossenen Raum, während ihn eine Stimme über Lautsprecher immer wieder fragt, woran an er sich erinnert, seit er Babylon 5 verlassen hat. Garibaldi beteuert, keine Erinnerungen daran zu haben und wird wütend. Daraufhin wird Gas in den Raum eingeleitet. Als Garibaldi bewusstlos ist, betritt ein Angehöriger des Psi-Corps den Raum.

Zack Allan verfolgt eine Spur weiter, der G'Kar kurz vor seiner Gefangennahme bei der Suche nach Garibaldi nachgegangen war. Schließlich trifft er auf ein Transportschiff, das eine Rettungskapsel startet und sich anschließend selbst zerstört. In der Rettungskapsel ist Garibaldi, der zwar wohlauf ist, sich jedoch auffallend anders verhält als vorher. Er kann sich seit seinem Verschwinden an nichts erinnern.

G'Kar wird auf Centauri Prime immer noch gefoltert und Londo und Vir fühlen sich zunehmend bestätigt, ihren Plan zur Ermordung Cartagias umzusetzen.

Die Allianz gegen die Schatten droht derweil komplett auseinanderzubrechen. Da die Schatten seit den Ereignissen auf Z'ha'dum nicht mehr angegriffen haben, wollen die meisten keine weiteren Angriffe provozieren. Delenn hingegen meint, diese werden trotzdem kommen und beharrt darauf, dass Z'ha'dum angegriffen werden muss. Inmitten dieses erbitterten Streits, tauchen völlig überraschend Sheridan und Lorien auf. Sheridan sagt, dass er gegen die Schatten gekämpft habe und diese besiegbar seien; doch dazu müssten alle zusammenarbeiten. Er kann die Botschafter umstimmen und alle jubeln ihm zu. Später erklären Sheridan und Lorien dem Führungsstab der Station die Ziele der Vorlonen und der Schatten (vgl. S3E22). Lyta teilt mit, die Vorlonen hätten beschlossen die Schatten und ihre Verbündeten zu vernichten, wobei sie keine Rücksicht auf andere Völker nehmen. Cole und Ivanova berichten, dass sie die Vorlonenflotte verfolgt haben und beobachtet, wie das riesige Schiff einen ganzen Planeten zerstörte, weil sich darauf ein Stützpunkt der Schatten befand.

Sheridan muss nun nicht nur gegen die Schatten, sondern auch gegen die Vorlonen vorgehen. Dafür muss jedoch erst ihr Botschafter Ulkesh von der Station verschwinden. Gemeinsam mit Alexander locken sie Ulkesh in einen Hinterhalt. Das Sicherheitsteam, das den Vorlonen beschießt, ist jedoch völlig machtlos. Schließlich gibt Lorien ein Zeichen, woraufhin der verbleibende Teil von Kosh Sheridans Körper verlässt und durch Lorien gestärkt Ulkesh angreift. Die beiden Vorlonen vernichten sich gegenseitig.

Kurz darauf erklärt Lorien Delenn, was er mit Sheridan auf Z'ha'dum machte: Sheridan war praktisch tot. Er lebt nur, weil Lorien ihm einen Teil seiner Lebensenergie spendete, die allerdings nur für etwa 20 Jahre reichen wird. Delenn ist am Boden zerstört, doch Sheridan freut sich auf die verbleibende gemeinsame Zeit und schenkt ihr einen Verlobungsring.

Auf Narn hat Imperator Cartagia einen nachgebauten Thronsaal bezogen; die Exekution von G'Kar steht kurz bevor. Londo, Vir und einige andere Verschwörer treffen letzte Vorbereitungen für das Attentat. Cartagia soll durch eine Giftspritze sterben, die sämtliche Spuren verwischt und einen natürlichen Tod vortäuscht. Am nächsten Tag wird G'Kar vor den Imperator geführt, der über ihn das Todesurteil ausspricht. Doch G'Kars Ketten wurden gelockert und er kann sich losreißen. Während alle bemüht sind, den wütenden G'Kar zu bändigen, gibt Londo vor, Cartagia in einen Nebenraum in Sicherheit zu bringen. Dort rammt ihm Vir die Spritze ins Herz. Da es keinen direkten Thronfolger gibt, wird Londo zum Premierminister der Centauri ernannt, bis ein neuer Imperator bestimmt wird. Er löst sofort sein Versprechen (vgl. S4E02) ein, Narn zu befreien und lässt alle Besatzungstruppen abziehen. Die Narn feiern und wollen G'Kar zu ihrem Führer ernennen und sich an den Centauri rächen. G'Kar weist dies entsetzt zurück, da er kein Diktator sein will und den Kreislauf des Hasses nicht ewig fortsetzen möchte (vgl. S3E06).

Dort kommt es schließlich zum Zusammentreffen aller Mächte und zu einer großen Schlacht. Ivanova konnte mit Hilfe von Lorien weitere Angehörige uralter Völker, die sogenannten Allerersten, als Verbündete gewinnen. Während des Kampfes nehmen sowohl die Schatten als auch die Vorlonen telepathischen Kontakt zu Sheridan und Delenn auf und verdeutlichen ihre Ziele: Während die Schatten die Evolution durch Konflikte vorantreiben wollen, fordern die Vorlonen absoluten Gehorsam der anderen Völker im Krieg gegen die Schatten. Doch Delenn und Sheridan erwidern, dass die jüngeren Völker nun nicht mehr auf die Allerersten angewiesen seien und sich nicht für eine der Seiten entscheiden wollen. Die Schatten wollen den Weißen Stern zerstören, doch die anderen Völker hören mit, zeigen sich solidarisch und schützen Sheridan und Delenn mit ihrem Leben. Auch Lorien wendet sich nun an die Vorlonen und Schatten und sagt, dass ihre Zeit vorbei sei und die alten Völker die Galaxis verlassen müssen. Daraufhin ziehen sich die Allerersten, einschließlich der Schatten und Vorlonen zurück und verschwinden. Lorien erklärt, dass jetzt die jungen Völker die Galaxis beherrschen und Lehrer der nachkommenden Generationen werden. Dann verschwindet er ebenfalls.

Garibaldi empfängt eine seltsame Nachricht, bestehend aus bunten Mustern, die er sofort löscht. Kurz darauf tritt er völlig überraschend von seinem Posten als Sicherheitschef zurück. Er will sich selbständig machen, indem er anderen hilft, ihre vermissten Angehörigen zu finden.

Londo tritt wieder seinen Posten als Botschafter auf Babylon 5 an. Auf Centauri Prime wird Minister Virini als Regent eingesetzt. Er trägt einen unsichtbaren Wächter an der Schulter, von dem er kontrolliert wird (vgl. S3E17).

Wegen der über die Station verhängten Quarantäne und die Propaganda von Präsident Clark, sieht sich Sheridan gezwungen, gegen ihn vorzugehen. Er schickt Franklin und Cole auf eine Geheimmission zum Mars, wo sie den Widerstand kontaktieren sollen.

Sheridan konfrontiert Garibaldi mit dem Interview für ISN, in dem Garibaldi Sheridan als verrückt bezeichnete (vgl. S4E08). Beide gehen im Streit auseinander. Daraufhin wird Garibaldi von einem Mann namens Wade angesprochen. Er bietet Garibaldi an sich ihm anzuschließen, da jemand etwas gegen Sheridan unternehmen müsse. Garibaldi lehnt ab und beteuert, er werde Sheridan nicht verraten. Kurze Zeit später kommt es erneut zur Auseinandersetzung mit Sheridan. Diesmal eskaliert der Streit und Garibaldi schlägt Sheridan. Wade wendet sich wieder an Garibaldi, der nun davon überzeugt ist, dass Sheridan mit seinem Größenwahn alles Erreichte bedrohe. Er ist bereit, Sheridan auszuliefern, damit ihm – wie Wade versichert – geholfen werden kann.

Franklin unterbreitet den Führern des Marswiderstandes Sheridans Angebot: Sie sollen sich Babylon 5 anschließen, Sheridan als Befehlshaber akzeptieren und gemeinsam mit ihm gegen Präsident Clark vorgehen. Wenn dies erfolgreich beendet wird, soll der Mars dafür seine Unabhängigkeit erhalten. Die meisten Anführer stimmen dem zu.

In Reaktion auf Clarks fortwährenden Propagandakrieg gegen Babylon 5, ruft Sheridan einen eigenen Nachrichtensender ins Leben. Unter der Moderation von Ivanova soll „Die Stimme des Widerstandes“ Clarks Lügen entlarven und über die Wahrheit aufklären.

Unterdessen geht „Die Stimme des Widerstandes“ erstmals auf Sendung (vgl. S4E11).

Aufgrund der Bedrohung durch die Drakh und zur Sicherung des Friedens, will Sheridan die White-Star-Schiffe fortan zum Schutz der befreundeten Völker einsetzen. Er bittet Londo und G'Kar, dass die Schiffe an den Sektorgrenzen der Centauri bzw. Narn patrouillieren dürfen.

Delenn und Lennier sind auf dem Weg nach Minbar. Dort ist der Konflikt zwischen den Kasten eskaliert und es herrscht Bürgerkrieg. Delenn trifft sich mit Neroon als Vertreter der Kriegerkaste. In einem vertraulichen Gespräch erklärt sie ihm, dass weder die religiöse, noch die Kriegerkaste den Krieg gewinnen dürfe, da sonst ein Ungleichgewicht in der Minbari-Gemeinschaft entstehe. Neroon gibt vor, Delenn zu unterstützen. Einige Anhänger der religiösen Kaste belauschen das Gespräch teilweise und glauben, Delenn wolle sich ergeben. Sie beschließen deshalb, dass ihr Schiff Minbar nie erreichen darf und leiten Gift in das Belüftungssystem ein. Lennier bemerkt dies rechtzeitig und verhindert die Katastrophe, wird dabei aber schwer verletzt. Er stellt die Sache als Unfall dar, damit Delenn nicht den Glauben an ihre Kaste verliert. Neroon verlässt das Schiff und kontaktiert seine Vorgesetzten: Er sei nun über die Pläne der religiösen Kaste informiert, wodurch der Sieg der Krieger kurz bevor stünde.

Seit Lyta Alexander nicht mehr für die Vorlonen arbeitet, ist sie auf Jobsuche. Da sie jedoch vom Psi-Corps abtrünnig ist, möchte kein Arbeitgeber in Schwierigkeiten geraten. Bester kommt auf die Station und bietet ihr an, sich dafür einzusetzen, dass sie wieder für das Corps arbeiten kann. Er verlangt im Gegenzug das Recht auf ihren Körper nach ihrem Tod. Er interessiert sich für die Veränderungen, die die Vorlonen an ihr vorgenommen haben. Entrüstet lehnt sie ab und wendet sich an Garibaldi. Bei seiner Arbeit für Edgars könne er eine Telepathin gebrauchen und stellt sie ein. Kurz darauf wird er von Edgars kontaktiert, der ihm klarmacht, dass er Telepathen nicht traut und er sie sofort entlassen muss. Verzweifelt willigt Alexander jetzt in Besters Angebot ein und trägt von nun an wieder die Uniform des Psi-Corps.

Sheridan erreicht ein Bericht, wonach Schiffe der Erdstreitkräfte Transporter der abtrünnigen Kolonie Proxima 3 angegriffen haben. Über zehntausend Zivilisten kamen dabei ums Leben. Er sieht nun die Zeit gekommen, sich Präsident Clark entgegenzustellen und die Kolonien sowie die Erde von seinem Einfluss zu befreien.

Londo besucht G'Kar und dankt ihm für dessen Hilfe auf Centauri Prime. Er lässt ihn wissen, dass er ihn nun respektiere, doch G'Kar gibt sich desinteressiert. Außerdem will Londo G'kar dazu bringen eine gemeinsame Erklärung zu unterzeichnen, dass die Regierungen der Centauri und der Narn Sheridans Widerstand unterstützen. Er sieht darin eine Gelegenheit, eine Brücke zwischen den beiden verfeindeten Völkern zu schlagen und andere Völker zu ermutigen, es ihnen gleichzutun. Nach anfänglichem Zögern willigt G'Kar schließlich ein.

Edgars und Wade betreten einen Raum mit drei Krankenbetten; die Menschen darauf liegen im Sterben. Edgars weist Wade an, die Testpersonen von ihrem Leiden zu erlösen, da der Versuch offensichtlich erfolgreich ist.

Franklin versucht noch immer erfolglos den Telepathen im Kälteschlaf die Schattenimplantate zu entfernen (vgl. S3E14). Durch Zufall stellt sich heraus, dass Lyta Alexander die Personen mit einem telepathischen Signal aufwecken kann. Es gelingt Franklin, das Signal künstlich zu erzeugen; doch die erwachte Versuchsperson ist nicht ansprechbar, verwirrt und äußerst aggressiv, sodass sie von Alexander wieder zum schlafen gebracht wird. Sheridan befreit unterdessen weitere Kolonien von Clark. Er hat einen Plan entwickelt, wie er die schlafenden Telepathen zu seinem Vorteil im Krieg einsetzen kann. Franklin und Alexander brechen daraufhin zum Mars auf.

Franklin und Alexander sind mit den im Kälteschlaf befindlichen Telepathen im Hauptquartier des Widerstandes auf dem Mars eingetroffen.

Der Kampf gegen die Erdstreitkräfte wird derweil unter Ivanovas Kommando fortgesetzt. Durch Spione hat Clark erfahren, dass sich die Flotte der Rebellen kurz vor ihrem finalen Angriff auf die Erde in der Nähe des Mars sammeln soll. Ein übergelaufener Offizier informiert Ivanova, dass ein Geschwader neuartiger Zerstörer mit absolut loyalen Besatzungen bereits an diesem Treffpunkt wartet. Ivanova beschließt, die Schiffe, die mit Schattentechnologie verbessert wurden, zu zerstören. Dies gelingt unter hohen Verlusten und Ivanova wird dabei äußerst schwer verwundet. Als Sheridan zurückkehrt und sie besucht, erfährt er, dass sie lediglich noch eine Woche zu leben hat. Sie bittet Sheridan, die letzte Schlacht gegen Clark von Bord der Agamemnon aus zu befehligen.

Auf die Initiative von Londo und G'kar hin, wurde eine Ratsversammlung auf Babylon 5 einberufen. Alle teilnehmenden Völker haben der Rebellen-Flotte Verstärkung durch eigene Schiffe zugesagt. Sie wollen damit ihre Dankbarkeit für Sheridans Rolle im Schattenkrieg ausdrücken.

Ivanova wurde aufgrund ihrer schweren Verletzungen vor der Schlacht nach Babylon 5 verlegt, um dort in Ruhe ihre letzte Zeit verbringen zu können. Marcus Cole, der zwischenzeitlich starke Gefühle für sie entwickelte, will sich mit ihrem Schicksal nicht abfinden. Er verlässt die Flotte, um Ivanova zu helfen. Auf dem Weg zur Station sucht er im Computer nach Maßnahmen für unheilbare Krankheiten und stößt auf einen Bericht Franklins, über ein außerirdisches Gerät, das Lebensenergie von einem Individuum auf ein anderes übertragen kann (vgl. S1E21). Franklin erfährt davon und fliegt ebenfalls nach Babylon 5, um Schlimmeres zu verhindern.

Während auf der Erde die als Interimspräsidentin eingesetzte Susanna Luchenko damit beginnt, Clarks Regime aufzulösen und dessen Verbrecher der Justiz zuzuführen, wartet Sheridan auf eine Entscheidung, ob auch er angeklagt wird. Zunächst erhält er Besuch von Bester, der wissen will, ob seine Geliebte Carolyn (vgl. S3E14) unter jenen Telepathen war, die gegen die Erdzerstörer eingesetzt wurden. Sie befindet sich jedoch weiterhin im Kälteschlaf. Sheridan betont, die Telepathen als Waffe einzusetzen, sei die schwerste Entscheidung seines Lebens gewesen. Außerdem warnt er Bester vor dem Versuch, die neue Erdregierung ebenfalls manipulieren zu wollen. Schließlich bietet Luchenko Sheridan und seinem Führungsstab Amnestie an, verlangt dafür aber, dass Sheridan die Erdstreitkräfte verlässt. Bei einer Pressekonferenz gibt er seinen Rücktritt bekannt.

Bei der Konferenz sind ebenfalls Delenn, Londo und G'Kar anwesend. Sie verkünden, die Etablierung einen neuen interstellaren Allianz zur Sicherung des Friedens, der sämtliche große Völker und viele kleinere angehören, und laden die neue Erdregierung ein, dieser Allianz beizutreten. Delenn verspricht dafür den Schutz durch White-Star-Schiffe sowie neue Technologien. Als Teil der Vereinbarung erhält auch die Marskolonie ihre Unabhängigkeit. Der Präsident dieser Allianz ist Sheridan. Er trifft im Anschluss seinen Vater, der wohlauf ist und Delenn erstmals kennenlernt.

Garibaldi konnte auf dem Mars zwischenzeitlich Lise aufspüren. Sie befindet sich in den Fängen von Kriminellen, die Lösegeld erpressen wollen. Garibaldi befreit sie und beide werden wieder ein Paar.

Ivanova wird zum Captain befördert, übernimmt das Kommando auf einem Zerstörer und verlässt Babylon 5. Sheridan und Delenn heiraten.

2262: In einer Diskussionsrunde auf ISN wird über Sheridans Eignung zur Leitung der Interstellaren Allianz debattiert und darüber, wie lange dieses Bündnis wohl bestehen wird. Während ein Gegner Sheridans ihm Machthunger vorwirft und seine Allianz für kurzlebig hält, wollen die anderen nicht vorschnell urteilen und Sheridan die Gelegenheit geben, sich zu beweisen.

2362: Anlässlich des hundertsten Jahrestages der Gründung der Interstellaren Allianz diskutieren in einer Liveübertragung drei Experten. Es herrscht weitgehende Einigkeit, dass die die Bedeutung von Babylon 5, Sheridan und Delenn eher symbolisch gewesen sei. Auch könne man die Ereignisse, die zur Gründung der Allianz führten, nicht einigen wenigen Leuten zuschreiben. Sheridan wird erneut als größenwahnsinnig und machthungrig dargestellt. Plötzlich betritt eine sehr alte Delenn den Raum. Sie betont, dass Sheridan ein guter Mann gewesen sei, und geht wieder.

2762: Auf der Erde herrscht Bürgerkrieg. Ein Mann namens Daniel ist Angehöriger der Fraktion, die gegen die Interstellare Allianz arbeitet. Er leitet eine Simulation, bei der Hologramme von Sheridan, Delenn, Franklin und Garibaldi erstellt werden. Sie werden mit Erinnerungen ausgestattet, die in der Vergangenheit aufgezeichnet wurden, sodass ihre Persönlichkeiten vorübergehend wiederhergestellt sind. Daniel will die Hologramme für Aufzeichnungen verwenden, die die Gründung der Interstellaren Allianz in ein schlechtes Licht rücken. Garibaldi verwickelt Daniel in ein Gespräch und erfährt, dass die Fraktion von Daniel einen Präventivschlag gegen den Feind plant. Garibaldi übermittelt das Gespräch heimlich an den Feind, woraufhin ein nuklearer Krieg beginnt.

3262: Die Bewohner der Erde sind seit dem Krieg vor 500 Jahren ein primitives Volk, das keine Raumfahrt kennt. In einem altertümlichen Kloster wendet sich Bruder Michael besorgt an seinen Lehrer Alwin. Er bezweifelt, dass die Rangers, die er aus heiligen Schriften kennt, überhaupt existieren. Sheridan, Lorien oder Ivanova könnten, so befürchtet er, nur Fabelwesen sein. Vielleicht würden die Rangers niemals zurückkehren, um, wie prophezeit, den Menschen eines Tages beim Wiederaufbau zu helfen. Alwin überzeugt ihn, an seinem Glauben festzuhalten. Als Michael den Raum verlässt, wird deutlich, dass Alwin ein Ranger ist und der Wiederaufbau bereits im Gange. Um die gleichen Fehler nicht zu wiederholen, soll dies langsam und im Verborgenen geschehen.

Eine Million Jahre in der Zukunft: Der Mensch, der sich de Aufzeichnungen angesehen hat, nimmt eine Lichtgestalt an und betritt einen Anzug, ähnlich denen der Vorlonen. Er bricht zu einer „neuen Erde“ auf, kurz bevor die Sonne zur Nova wird. Das Raumschiff trägt das Zeichen der Rangers.