Londo kündigt inzwischen seine Partnerschaft mit Morden auf, der sich daraufhin an Lord Refa wendet. Morden informiert Londo über die Bedingungen, die die Schatten stellen. Angeblich wollen sie die Galaxis mit den Centauri aufteilen und haben besonderes Interesse an der Kolonie Zagros 7, die sein neuer Partner Refa im Auftrag der Schatten verminen lassen sollte.

Auf der Erde legt Endawi seinen Abschlussbericht vor und resümiert, dass niemand auf Babylon 5 brauchbare Informationen habe. Als er den Raum verlässt, erscheint Morden und ein Psi-Polizist. Letzter deutet an, dass die Bedrohung der Erde durch unbekannte Außerirdische hilfreich für ihre Ziele sein könnte.

Sheridan gründet auf Babylon 5 in Vorbereitung auf das Kommende einen Kriegsrat.

Die Centauri ermächtigen den Narn Na'Far, auf der Station die Narn zu Vertreten und G'Kar zurück auf seine Heimatwelt zu schicken, wo ihm der Prozess gemacht werden soll. Na'Far wird von Ta'Lon begleitet, jener Narn, der einst zusammen mit Sheridan entführt wurde (vgl. S2E11). Sheridan lehnt dies ab und obwohl G'Kar aus Sorge um die Sicherheit seiner Leute zunächst aufbrechen will, überreden ihn Ta'Lon und andere Narn, auf der Station zu bleiben.

Dr. Franklin entwickelt eine immer stärkere Abhängigkeit nach Aufputschmitteln.

Auf Londos Wunsch wird sein Attaché Vir Cotto nach Minbar entsandt, um dort als Botschafter zu arbeiten.

Lyta Alexander ist wieder auf Babylon 5 eingetroffen, nachdem sie sich zwischenzeitlich auf der Heimatwelt der Vorlonen aufhielt, was normalerweise keinem Vertreter anderer Völker gestattet ist. Außerdem pflegt sie eine besonders enge Beziehung zu Botschafter Kosh.

Sheridan bekommt währenddessen von der Erdregierung, die seine jüngsten Entscheidungen im Narn-Centauri-Krieg für fragwürdig hält, die politische Beraterin Julie Musante zugeteilt. Er macht deutlich, dass er davon nichts hält. Außerdem hat er Sorge, dass seine Verschwörung gegen Clark durch Musante aufgedeckt wird. Aufgrund des Aufruhrs, die der übermittelte Beweis auf der Erde verursacht, wird Musante jedoch wieder abgezogen.

Ivanova und Cole begeben sich nach Sigma 957, um Kontakt zu der alten Spezies aufzunehmen. Sie haben Erfolg und die Außerirdischen versprechen da zu sein, wenn die Zeit gekommen ist.

Ivanova versucht den jungen Offizier David Corwin für den Widerstand gegen Präsident Clark zu gewinnen. Sie stellt jedoch fest, dass dieser nicht bereit ist, Befehle der Erdregierung in Frage zu stellen.

Auf der Erde herrscht Aufruhr, seit Präsident Clark mit dem Attentat auf Santiago in Verbindung gebracht wird (vgl. S3E05). Dies versetzt die Organisation Nightwatch (vgl. S2E16) auch auf Babylon 5 in erhöhte Alarmbereitschaft, weshalb sie ihre Spitzel auffordert, noch akribischer nach schädlichem Gedankengut zu forschen. Es werden große Verhaftungswellen angekündigt. Auch der Führungsstab von Babylon 5 gerät unter Verdacht. Schließlich wird auf der Erde das Kriegsrecht ausgerufen.

G'Kar beginnt zwischenzeitlich in seiner Gefängniszelle damit, ein philosophisches Buch zu schreiben.

Londo erhält Besuch von der Centauri-Seherin Lady Morella. Sie prophezeit Londo und Vir, dass beide einst Imperator der Centauri-Republik sein werden. Demnach wird einer von beiden dieses Amt bekleiden, wenn der andere den Tod gefunden hat.

Die Schatten haben begonnen, mehrere Völker gegeneinander aufzuhetzen und in Kriege zu verwickeln. Delenn trifft den Grauen Rat und wirft ihm Untätigkeit im Angesicht dieser Bedrohung vor, da die Kaste der Krieger nicht bereit ist, in die Geschehnisse einzugreifen. Delenn kann jedoch die Mitglieder der religiösen sowie der Arbeiterkaste überzeugen zu handeln. Der Rat ist gespalten und die Kluft zwischen den Kasten wächst.

Bei Babylon 5 trifft ein weiterer Zerstörer der Erde ein. Die Kommandantin Hiroshi informiert Sheridan, dass die Erde die Station in Kürze einnehmen will und schließt sich dem Widerstand an. Sheridan stellt sich nun offen gegen Clark und ruft die Unabhängigkeit von Babylon 5 aus. Zwei Zerstörer mit loyaler Besatzung treffen schließlich ein und es kommt zum Gefecht. Clarks Soldaten dringen in die Station ein, können jedoch mithilfe des Narn-Sicherheitspersonals unter hohen Verlusten besiegt werden. Gemeinsam mit den Schiffen von Ryan und Hiroshi, die dabei ums Leben kommt, zerstört Sheridan auch Clarks Schiffe. Anschließend trifft allerdings eine zweite Welle Clark-treuer Schiffe ein. Als Sheridan beinahe kapituliert, erscheint Delenn mit drei Minbari-Kreuzern und zwingt die Belagerer zum Rückzug.

Londo vermutet, dass sich die Schatten einst gegen die Centauri wenden werden und fordert Refa daher auf, seine Partnerschaft mit Morden (vgl. S3E01) zu beenden. Um Refa zu diesem Schritt zu zwingen, versetzt er Refas Getränk mit einer Komponente eines Giftes und droht mit der Verabreichung der zweiten Komponente, sollte Refa sich nicht fügen.

Sheridan handelt mit anderen Völkern einen Vertrag aus, der Babylon 5 unabhängig von der Erde zum neutralen Ort für Verhandlungen erklärt. Fortan steht die Station unter dem Schutz von Schiffen der verschiedenen Völker.

Garibaldi findet inzwischen in alten Texten der Narn Hinweise auf eine Waffe gegen die Schatten. Als die Schatten vor tausend Jahren eine Basis auf der Narn-Heimatwelt errichteten, töteten sie alle Narn-Telepathen, da diese eine Bedrohung für sie darstellten. Aus diesem Grund wurde auch der Weiße Stern nicht angegriffen, da sich Bester an Bord befand.

Die Schatten beginnen damit, Welten im Sektor der Brakiri anzugreifen, womit der offene Krieg beginnt.

Sheridan gelingt es nicht, die verschiedenen Völker im Kampf gegen die Schatten zu vereinen. Sie fürchten sich vor der Überlegenheit der Schatten und ziehen es vor, passiv zu bleiben, um so vielleicht ignoriert zu werden. Sheridan wendet sich daraufhin an Kosh. Er fordert, dass die Vorlonen, die ebenfalls extrem mächtig sind, ein Zeichen setzen und einen Schlag gegen die Schatten führen. Den anderen Völkern soll so die Verwundbarkeit des Gegners vor Augen geführt werden. Kosh lehnt dies ab, da die Zeit noch nicht reif sei. Dies macht Sheridan wütend und nach einem heftigen Streit lenkt Kosh schließlich ein. Er werde Sheridans Bitte erfüllen, könne dann aber nicht mehr für ihn da sein, wenn er einst wie angekündigt nach Z'ha'dum fliegt (vgl. S2E16). Schließlich führen die Vorlonen einen erfolgreichen Angriff gegen die Schatten. Nachdem Morden davon erfährt, dringt er mit seinen beiden Schatten-Begleitern in Koshs Quartier ein, woraufhin ein Kampf beginnt. Kosh nimmt in einem Traum Sheridans, in Gestalt von dessen Vater, Kontakt mit ihm auf. Er entschuldigt sich für seine Sturheit, er habe lediglich Angst vor den Konsequenzen gehabt. Sheridan solle den Kampf nun auf seine Art führen. Kosh überlebt den Angriff nicht.

Franklin gesteht seine massive Abhängigkeit von Aufputschmitteln erstmals offen ein und tritt von seinem Posten als Chefarzt der Station zurück.

Die Crew des Weißen Sterns installiert in der Zwischenzeit unbemerkt von der Besatzung von Babylon 4 die Zeitverschiebungsausrüstung. Während die Station aufgrund der Zeitverwerfungen evakuiert wird, trifft ein Schiff mit Sinclair und Garibaldi ein, die das plötzliche Auftauchen von Babylon 4 untersuchen wollen. Ab hier überschneiden sich die Ereignisse mit dem, was Sinclair bereits früher erlebte (vgl. S1E20). Kurz bevor die Station endgültig verschwindet, bleibt Sinclair auf Babylon 4 zurück. Er rettet Zathras aus den Trümmern und reist gemeinsam mit ihm in die Zeit des ersten Schattenkrieges. Er nutzt die gleiche Maschine wie einst Delenn (vgl. S1E22), um sich in einen Minbari zu verwandeln. In der Vergangenheit angekommen, stellt er sich den verblüfften Minbari als Valen vor, der wichtigste historische Führer der Minbari.

Delenn erklärt, dass Sinclairs Handeln die Ursache dafür ist, dass Minbari-Seelen in Menschen wiedergeboren werden (vgl. S2E01) und dass sie mit ihrer Verwandlung das Gleichgewicht wiederherstellen wollte.

Sheridan will herausfinden, ob Telepathen wirklich eine geeignete Waffe im Kampf gegen die Schatten sind (vgl. S3E14). Zusammen mit Alexander und begleitet von einem Minbari-Kreuzer, auf dem sich ebenfalls Telepathen befinden, sucht er mit dem Weißen Stern die Konfrontation mit einem Schattenschiff. Mit Erfolg – Alexander kann das Schiff abblocken, woraufhin es zerstört wird. Als vier weitere Schattenschiffe auftauchen, kommt Sheridan eine Flotte verschiedener Völker zur Hilfe, die dem Einsatz vorher kritisch gegenüberstanden. Gemeinsam können die Schatten besiegt werden. Alexander erhält telepathisch Hinweise darauf, dass ein Teil von Kosh im Körper eines anderen doch überlebt haben könnte.

Franklin ist währenddessen untergetaucht und versucht seine Sucht nach Aufputschmitteln zu verarbeiten. Er will so lange suchen, bis er sich selbst gefunden hat. In einem Nachtclub lernt er die junge Sängerin Cailyn James kennen. Nachdem die beiden eine Nacht miteinander verbracht haben, erfährt er, dass James unheilbar krank ist und nur noch wenige Monate zu leben hat.

Garibaldi untersucht das Verschwinden eines Wartungsarbeiters im grauen Sektor von Babylon 5. Dabei entdeckt er zwischen Grau 16 und Grau 17 eine nicht ausgebaute Ebene, die nach Inbetriebnahme der Station offenbar vergessen wurde. Dort wird er von einer Sekte gefangengehalten, die ihr Versteck nicht preisgeben will und den Zarg, ein gefährliches Raubtier, verehrt, das auf der Ebene sein Unwesen treibt und für das Verschwinden des Arbeiters verantwortlich ist. Garibaldi kann die Sektenmitglieder schließlich überlisten und den Zarg töten.

Sheridan und Delenn finden heraus, dass die scheinbar zufälligen Angriffe der Schatten das Ziel verfolgen, alle Gegner zum Rückzug in ein zentrales Gebiet zu treiben, um dort dann vernichtend zuzuschlagen. Delenn zeigt Sheridan eine große, bisher geheime, Flotte von Schiffen der Klasse des Weißen Sterns, der lediglich ein Prototyp für eine lange Baureihe ist. Die beiden sind mittlerweile ein Liebespaar.

Franklin ist immer noch auf den unteren Ebenen von Babylon 5 auf der Suche nach sich selbst (vgl. S3E18). Dabei gerät er in eine Messerstecherei und wird schwer verletzt. Dem Tod bereits nahe, erscheint ihm plötzlich sein eigenes Ich, das zu ihm spricht. Franklin realisiert, dass er noch einmal von vorne anfangen muss und seine Fehler nicht wiederholen darf. Mit letzter Kraft schleppt er sich weiter, bis er schließlich gefunden wird. Als es ihm wieder besser geht, möchte er seinen Posten als Chefarzt der Station wieder antreten. Sheridan stimmt dem zu.

Delenn verbringt eine Nacht in Sheridans Quartier, als plötzlich unerwarteter Besuch eintrifft: Anna Sheridan, John Sheridans totgeglaubte Ehefrau.